5.3分的生信文章解读——一篇有关神经胶质瘤与TIM-3基因的纯生信文章

随着肿瘤精准医治的时代到来，未来的十年，免疫医治仍将是肿瘤医治的黄金十年，精准医治要求咱们挑选精准的疾病靶点，因而，对于疾病相关的分子病理学知道至关重要。而根据数据库进行的生信剖析，为咱们对疾病分子的知道也起到了活跃的作用。今天，咱们将解读一篇 5.3 分的 SCI 生信文章——作者经过剖析预测了一个新的疾病医治的靶点“TIM- 3 基因”，信任这篇文章将让咱们觉得在百味科研芝士的学习是学有所得，学有所用。

首要，咱们来看看标题和 IF，毕竟 IF 比较吸引咱们~

这是一篇有关神经胶质瘤与 TIM- 3 基因的纯生信文章，没有详细的试验验证，所以不需要你费时费体力，不需要你费脑费金币。好了，起驾吧！

摘要文字不少，但作者目的很清晰，欲扬先抑，免疫检测点阻断医治肿瘤好不好？好。但是，免疫相关副作用太大了，因而再找找其他的免疫检测点——TIM-3，想澄清 TIM- 3 与胶质瘤之间的联系。一起看看作者的文章剖析思路：作者用 CGGA 数据库中胶质瘤患者的 RNA-seq 数据剖析，用 TCGA 数据库中胶质瘤患者的 RNA-seq 数据做了验证，以及相关性剖析和生计剖析。经过以上剖析终究作者发现了 TIM- 3 这个基因好，好在某些状况能够代替 PD-1/PD-L1 靶点（这个厉害了！）。(此处给咱们留个疑问，作者是如何锚定的 TIM- 3 基因呢？差异基因？枢纽基因？关键基因？驱动基因？明星分子？文献报道？)

从 CGGA 数据库中下载 325 例胶质瘤样本进行剖析，TCGA 数据库中 699 例胶质瘤样本进行验证。关于 TCGA 数据下载，请关注本大众号“TCGA 数据库教程”栏目。

作者分别用 CCGA 和 TCGA 数据集剖析了不同胶质瘤分级、胶质瘤 IDH 状态与 TIM- 3 基因表达水平的差异，终究用箱线图展示了结果，不会画箱式图的请看咱们最新推出的医学科研 R 言语绘图精品课程，手把手教代码，详细易学好上手，重要的是免费！！

此外，作者还剖析了不同胶质瘤类型与 TIM- 3 基因表达水平的差异，发现在“mesenchymal molecular subtype glioma”这种胶质瘤中表达较高。一起用 ROC 曲线说明晰 TIM- 3 基因在预测胶质瘤中的敏感性和特异性。

胶质瘤中 TIM- 3 与免疫功用密切相关。GO 剖析标明，在 CGGA 和 TCGA 数据库中，TIM- 3 首要参与肿瘤免疫反应和炎症反应。GO 的剖析经过 DAVID 网站来完成，关于功用富集剖析，咱们能够用 DAVID 及 Metascape 进行操作，二者的实操帖子请参见 DAVID&Metascape：专注于基因功用注释和富集通路剖析的网站

TIM- 3 与免疫应对的相关性剖析：作者经过 AmiGO2 网站 (http://amigo.geneontology.org/amigo/landing) 下载了 TIM- 3 免疫应对相关的基因集，挑选与 TIM- 3 相关的基因制作了热图。图中展示了不同样本的分子亚型、IDH 状态、TIM- 3 基因的表达量。图中能够看出大多数免疫应对相关基因与 TIM- 3 表达呈明显正相关，而有仍有少数基因与 Tim- 3 表达呈明显负相关。

TIM- 3 与 T 细胞免疫功用 / 炎症的联系：经过比较不同免疫细胞与 TIM- 3 基因之间的联系，以及炎症与 TIM- 3 基因之间的联系。

最终不可或缺的是 TIM- 3 基因与胶质瘤预后的联系，也就是生计剖析。生计曲线能够用许多东西完成，这儿提几个：最简单的 SPSS 软件、Kaplan-Meier 在线剖析、OncoLnc 网站，R 言语等，一切的生计剖析实操请参与咱们的推文最全生计剖析网页版东西，你掌握了几种？。